Ζήτημα προκύπτει για τον Σύμβουλο Εθνικής Ασφάλειας της ελληνικής κυβέρνησης, έπειτα από δημοσίευμα του ιστότοπου Wikileaks, σύμφωνα με το οποίο ο Θάνος Ντόκος, ως Γενικός Διευθυντής του ΕΛΙΑΜΕΠ το 2010, απέστειλε εμπιστευτική έκθεση της ΕΕ για την Τουρκία, στην τουρκική πρεσβεία στις Βρυξέλλες. Τα έγγραφα που δημοσιοποιούν τα Wikileaks επιβεβαιώνουν ότι ο Ντόκος είχε αποστείλει την έκθεση από το προσωπικό του email. Να σημειωθεί ότι κάποια στοιχεία της έκθεσης δημοσιεύθηκαν λίγο αργότερα από το ΕΛΙΑΜΕΠ.
Συντάκτης της έκθεσης ήταν ο Έλληνας καθηγητής του πανεπιστημίου Μπιλκέντ της Άγκυρας και στέλεχος του ΕΛΙΑΜΕΠ Ιωάννης Γρηγοριάδης. Η έκθεση προτείνει κατευθύνσεις στην τουρκική διπλωματία για το πως μπορούν να συνυπάρξουν οι απόψεις του πρώην Τούρκου υπουργού Εξωτερικών και πρωθυπουργού Αχμέτ Νταβούτογλου, θεωρητικού του νεοθωμανισμού, με την ένταξη στην ΕΕ.
Σε ηλεκτρονικό μήνυμα της τουρκικής πρεσβείας των Βρυξελλών (29 Απριλίου 2010), που είχε αποδέκτη τον γαμπρό του Ερντογάν, αναλύεται η έκθεση του Γρηγοριάδη. Στο τέλος γίνεται μία ιδιαίτερη αναφορά στις συμβουλές που δίνει η έκθεση στην τουρκική ηγεσία για το πως να προωθήσει τις περιφερειακές της φιλοδοξίες και το περιβόητο δόγμα Νταβούτογλου με τη διαδικασία ένταξης στην ΕΕ.
Σε ανακοίνωση του το ΕΛΙΑΜΕΠ αναφέρθηκε σε «πάγια πρακτική του, όπως και άλλων ινστιτούτων, να αποστέλλουν τις ηλεκτρονικές εκδόσεις τους στον κατάλογο αποδεκτών, εν προκειμένω χιλιάδες, στους οποίους περιλαμβάνονται και πρεσβείες που έχουν ζητήσει να λαμβάνουν τις δημοσιεύσεις του ΕΛΙΑΜΕΠ». Επεσήμανε ταυτόχρονα πως «η εγγραφή στον κατάλογο των παραληπτών του ΕΛΙΑΜΕΠ γίνεται πλέον με απλή συμπλήρωση του ονόματος και email, όπως μπορεί να διαπιστώσει κανείς στην ιστοσελίδα του ΕΛΙΑΜΕΠ».